公共汽车,作为城市公共交通的绝对主力，以其相对低廉的票价、广泛的线路覆盖和较大的运载能力，在满足市民日常出行、缓解交通拥堵方面扮演着不可或缺的角色，如同任何事物一样，公共汽车在运营中也存在着一些不容忽视的缺点，这些缺点在一定程度上影响了其服务质量和出行体验，成为城市交通体系中亟待弥补的“阿喀琉斯之踵”。
准点率与运行效率受外界因素影响大，不确定性高，公共汽车的运行路线固定，站点众多，这使得它极易受到城市路面交通状况的制约，早晚高峰时段，路面车流量激增，公交车往往深陷其中，动辄停滞不前，导致班次延误成为家常便饭，即使是平峰时段，突发的交通事故、道路施工、恶劣天气或大型活动等因素，都可能打乱公交车的正常运行计划，这种不确定性使得依赖公交出行的乘客难以准确规划自己的时间，常常面临“等车焦虑”和“赶时间”的窘境，对于时间敏感度较高的通勤者而言，这无疑是一个巨大的痛点。
乘坐舒适度与体验有待提升，尽管许多城市的公交车在不断更新换代，空调车、新能源车日益普及，但整体而言，公交车的乘坐舒适度仍与私家车存在较大差距，高峰时段，车厢内往往拥挤不堪，乘客摩肩接踵，毫无舒适可言，空气质量也因人员密集而变得较差，部分老旧车辆可能存在噪音大、座椅老化、减震效果差等问题，进一步降低了乘坐体验，公交车频繁的启停和到站后的长时间停靠（尤其在一些客流量大的站点），也会让部分乘客感到晕车不适。
线路灵活性不足，难以满足“点对点”的个性化需求，公共汽车的运营必须遵循固定的线路和站点，这虽然保证了其覆盖面，但也牺牲了灵活性，对于需要从A点附近到B点附近，但A、B两点均非主要公交枢纽或站点覆盖稀疏区域的乘客而言，往往需要“先到公交站，乘公交到换乘站，再换乘另一辆公交，最后步行到目的地”的繁琐过程，耗时耗力，这种“最后一公里”的问题，以及绕路行驶的普遍现象，使得公交车在应对个性化、多样化出行需求时显得力不从心。
运营成本与财政压力不容忽视，公共汽车的购置、维护、燃油/电力消耗、司机及后勤人员薪酬、站点建设与维护等都需要巨大的资金投入，尤其是在票价受政府调控，难以完全市场化运营的情况下，许多城市的公交系统需要政府财政补贴才能维持正常运转，随着车辆更新换代（如新能源车的推广）和人力成本的上升，公交系统的财政压力日益增大，这也在一定程度上限制了其服务质量的进一步提升。
部分线路存在资源浪费与空驶现象，为了追求较高的线路覆盖率，一些城市的公交线路会延伸至客流量较少的郊区或新建区域，导致在这些时段和区段内，公交车上乘客寥寥，运力被大量闲置，造成了能源和资源的浪费，反之，在一些热门线路或高峰时段，又可能出现“车挤不上”的现象，运力分配不均的问题依然存在。
公共汽车在便利大众出行的同时,其准点率低、舒适度欠佳、灵活性不足、运营成本高以及资源可能浪费等缺点也客观存在，正视这些缺点，并通过优化公交线路规划、提升智能调度水平、改善车辆硬件设施、探索多元化运营模式等手段加以改进，才能让公共汽车更好地适应现代城市发展的需求，真正成为市民信赖和青睐的出行选择。